머나먼 여정 챈스(Chance: 마이클 J. 폭스 목소리 분)는 말썽꾸러기 개다. 그는 주인 피터(Peter: 벤 탈 분)에게 충성하는 늙은 개 쉐도우(Shadow: 돈 아메취 목소리 분)를 비웃고, 고양이 새시(Sassy: 샐리 필드 목소리 분)를 놀리기를 좋아한다. 집주인 로라(Laura: 킴 그레이스트 분)가 봅(Bob: 로버트 헤이스 분)과 결혼하여 잠시 이사를 가게 되자, 아이들은 동물들을 카렌의 농장에 맡기고 울면서 헤어진다. 처음에는 영문을 모르던 동물들은 점차 주인에게 버림받았다고 생각하게 된다. 그러나 쉐도우만은 피터에게 무슨 일이 생긴거라고 걱정한다. 어느 날 카렌이 말먹이를 위해 길을 떠나자, 세 마리 동물은 집을 찾아 돌아가기로 한다. 챈스와 새시는 망설이지만 쉐도우의 강력한 주장에 머뭇거리며 동행한다. 그러나 산하나만 넘으면 될 줄 알았던 것은 오해였다. 그들은 깊은 산속으로 들어선다. 배고픔과 공포, 야생동물 등, 집에서만 살던 그들은 당황한다. 그러나 그들은 협조를 통해 위기를 극복한다. 어느 날 강을 건너던 중 새시가 물에 떠내려 간다. 두 마리 개는 슬픔에 잠긴다. 그러나 새시는 조류학자에게 구조된다. 어느 날 개짖는 소리를 들은 새시는 조류학자의 보호를 뿌리치고 개들과 합류하는데…